Has provat de fer funcionar el programa que tens per WINDOWS en el Linux?
més o menys es faria baixan-te el WINE de http://www.winehq.org i un cop instal·lat, fent:
$ wine (programa que vols fer funcionar).exe
Atenció: potser no et funcioni però sempre pots provar buscant per la pàgina de linux.com que allà si que hi han articles interesants de com fer una cosa que no esta en el linux i en windows si que es pot fer